Tiền thân của Công ty Cổ phần Vinaconex 39 là Công ty Cổ phần Đầu tư phát triển và Xây dựng công trình giao thông Miền Bắc theo đăng ký kinh doanh lần đầu vào ngày 15 tháng 01 năm 2007 tại sở Kế hoạch và đầu tư thành phố Hà Nội. Sau đó đổi tên thành Công ty Cổ phần Đầu tư phát triển Giao thông Vinaconex 39 theo đăng ký kinh doanh ngày 03/05/2007 trong đó Tổng công ty cổ phần Xuất nhập khẩu và Xây dựng Việt Nam nắm giữ 51% tổng vốn điều lệ.
Tháng 5 năm 2007, với sự tham gia góp vốn của Tổng Công ty Cổ phần Xuất nhập khẩu và Xây dựng Việt Nam (Vinaconex), Công ty chính thức trở thành công ty con của Vinaconex và được đổi tên thành Công ty Cổ phần Đầu tư Phát triển giao thông Vinaconex 39 với chức năng chủ yếu là xây dựng các công trình dân dụng, công nghiệp, giao thông, thủy lợi, san lấp mặt bằng, xử lý nền móng công trình, đầu tư, kinh doanh bất động sản.
Ngày 08/04/2008, sau khi Công ty đã đi vào ổn định và phát triển, Ban lãnh đạo công ty quyết định mở rộng thêm ngành nghề đăng ký kinh doanh với các hạng mục: Thiết kế công trình xây dựng dân dụng và công nghiệp; Giám sát công trình dân dụng, công nghiệp, cấp thoát nước, hệ thống kỹ thuật – lĩnh vực chuyên môn giám sát: lắp đặt thiết bị công trình, xây dựng – hoàn thiện; tư vấn dự án đầu tư xây dựng.
Vào ngày 23 tháng 1 năm 2009, với sự tham gia góp vốn của Tổng Công ty Cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam (PVC), Công ty Cổ phần Đầu tư phát triển giao thông Vinaconex 39 chính thức trở thành công ty liên kết giữa 2 Tổng Công ty: Vinaconex và PVC; Công ty đã được đổi tên mới thành Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Vinaconex – PVC.
Được sự hỗ trợ mạnh mẽ của 2 Tổng Công ty và Tập đoàn Dầu khí Quốc Gia Việt Nam về nguồn việc, tài chính, con người… Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Vinaconex – PVC đã có nhiều bước phát triển vượt bậc. Hiện nay, Công ty đang triển khai thi công các hợp đồng kinh tế trong và ngoài ngành dầu khí có giá trị lớn và trọng điểm như: Tổng thầu xây lắp Công trình Bãi đỗ xe Ngầm và Dịch vụ thương mại Thành Công; Tổng thầu xây lắp công trình Khách sạn Lam Kinh – Thanh Hoá; Đường vào nhà máy nhiệt điện Thái Bình; Nhà máy Polyester Đình Vũ – Hải Phòng; Nhiệt điện Vũng Áng; Chung cư Phú Đạt – Thành phố Hồ Chí Minh; Khu lọc hoá Dầu Nghi Sơn; Quốc Lộ 21 – Nam Định, Quốc Lộ 3 – Thái Nguyên; Nút Giao Phú Đô – Thuộc đường cao tốc Láng – Hòa Lạc…Tổng giá trị các hợp đồng Công ty đã ký kết và hiện đang thi công đạt gần 1.300 tỷ đồng.
Ngoài lĩnh vực xây lắp, Công ty đã mạnh dạn tham gia vào lĩnh vực đầu tư sản xuất vật liệu xây dựng và đầu tư kinh doanh bất động sản với hàng loạt hệ thống trạm trộn bê tông thương phẩm đặt tại Thanh Hóa, Hải Phòng và hàng loạt dự án bất động sản lớn sẽ được triển khai trong năm 2010 như dự án đầu tư xây dựng khu chung cư Cao tầng tại quận 9 Thành phố Hồ Chí Minh với tổng mức đầu tư trên 36 triệu USD, Dự án Khu đô thị Sinh Thái Cửu Long tại Lương Sơn – Hoà Bình với tổng mức đầu tư dự kiến 382 tỷ đồng, Dự án Chung cư cao tầng CT2-A tại Khu đô thị mới Cổ Nhuế với tổng mức đầu tư dự kiến 260 tỷ đồng, dự án Cao ốc văn phòng tại 19 Phạm Ngọc Thạch – Thành phố Hồ Chí Minh, Dự án tổ hợp thương mại và nhà ở cao tầng tại Km 17 Quốc Lộ 32 – Đan Phượng – Hà Nội với tổng mức đầu tư dự kiến gần 600 tỷ đồng, dự án khu nghỉ dưỡng cao cấp tại thị Trấn Lăng Cô -Phú Lộc – Thừa Thiên Huế…
Với sức trẻ và lòng nhiệt huyết trên sở phát huy thế mạnh của thương hiệu Tập đoàn Dầu Khí Quốc Gia Việt Nam và Vinaconex, tập thể cán bộ công nhân viên Công ty cổ phần đầu tư xây dựng Vinaconex – PVC đang nỗ lực phấn đấu xây dựng Công ty ngày một phát triển lớn mạnh và bền vững.